TFF'nin Beykoz-Riva'daki idari merkezinde bulunan Orhan Saka Salonu'nda gerçekleşen kura çekimi sonrası, Çaykur Rizespor'un rakibi Spor Toto 3.Lig 2.Grup takımlarından Manisa Büyükşehir Belediyespor oldu.
Deplasmanda oynanacak tek maçlı eleminasyon sistemine göre kazanan takım bir üst tura yükselecek. Ziraat Türkiye Kupası 2. Eleme Turu'nda karşılaşmalar 20, 21 ve 22 Eylül 2016 tarihinde oynanacak.